Cuando Pokémon es traducido de Japonés a Inglés, algunas cosas suelen ser censuradas para encajar bien en el país de transmisión. Eso quiere decir que algunas escenas son removidas o modificadas para "el bien de la audiencia". Esto incluye el remover referencias japonesas (que solo japoneses entenderían), y remover escenas inapropiadas para los niños de occidente. Pero a veces estas censuras llegan al extremo de simplemente no transmitir el capítulo, debido a que contenían tantas escenas necesarias para ser removidas que la historia del capítulo mismo se volvería inconsistente, por lo que fingir que el capítulo nunca existió resulta mucho más cómodo, originándonos por desgracia la existencia de algunos capítulos que solo fueron transmitidos en Japón.
#1 Capítulo 18: La belleza y la playa (Holiday at Acopaulo)Motivo: James para ganar un concurso de trajes de baño, se puso un traje de baño inflable para aparentar verse como una mujer. La escena más famosa de este capítulo es cuando James se aproxima a Misty y presume que ganará por su bello cuerpo. Por estas escenas de James se decidió no transmitir éste capítulo hasta un año después, en donde alteraron casi por completo el capítulo y ninguna escena de James en bikini aparece.
#2 Capítulo 35: La Leyenda de DratiniMotivo: El capítulo fue censurado debido al uso frecuente de armas. El guardían de la Zona Safari primero apunta su pistola hacia Ash antes de saber que venía sin malas intenciones. Luego él dispara múltiples veces al Equipo Rocket, pero no son heridos por el tirotéo. En otra escena del capítulo el Equipo Rocket captura al guardían, le quitan su pistola y se lo apuntan a su cabeza para que dijera en dónde se encontraba Dratini.
Por desgracia éste fue un capítulo importante, puesto que en éste capítulo Ash captura 30 Tauros. Debido a esta censura, el hecho de que Ash tenga tantos Tauros bajo el resguardo del Profesor Oak resulta incongruente. Como si aparecieran de la nada mágicamente.
#3 Capítulo 38: Porygon, el soldado eléctrico (Porygon Virtual)Motivo: Este es el capítuo censurado más famoso de todos. Salió internacionalmente en las noticias, se encuentra censurado en todo el mundo, incluyendo Japón (transmitiéndose solamente una vez en la historia). La escena que hizo censurar éste capítulo fue cuando Ash se encontraba con Porygon en el cíber espacio, mientras que el Equipo Rocket disparaba misiles hacia Porygon, Pikachu detenía los misiles con su impactrueno, provocando unas luces brillantes de color rojo y azul que cambiaban rápidamente (véase la imagen). Dicho efecto causó que 685 niños japoneses fuesen enviados al hospital por sufrir de síntomas de epilepsia, varios más sufrieron de vómito y de ojos irritados luego de dicha escena. Nunca más va ser transmitido este capítulo por televisión, pero aún puede verse desde Internet.
#4 Capítulo 40: ¡Es la víspera de Año Nuevo! Pocket MonstersMotivo: Este capítulo iba ser originalmente el capítuo 40, pero fue remplazado por "Los Belicosos Hermanos Eevee". Este capítulo tenía pronosticado salir el 31 de diciembre de 1997 en Japón, pero debido al incidente reciente ocurrido en el capítulo 38 de "Porygon, el soldado eléctrico", no se transmitió el capítulo. Y como el año nuevo se pasó, transmitir en otro día ese capítulo que fue diseñado para ser visto un 31 de diciembre habría quedado mal, por lo que nunca más se decidió transmitir ese capítulo. No existen imagenes ni historia para describir lo que pasó en este capítulo.
#5 Capítulo 252: La Cueva HeladaMotivo: El Equipo Rocket infecta intencionalmente a Brock con un virus del resfriado (¿podrá ser éste un buen motivo de censura?). Luego está la presencia de la Jynx original (de piel negra) en este capítulo. Jynx ha sido por desgracia calificada como un estereotipo de los afroamericanos. Por lo que capítulos donde salga este Pokémon son muy propensos a ser censurados. Pero la razón más aparente que causó la censura definitiva del capítulo fue cuando Brock estaba apunto de besar a Jynx. A pesar de ser fácilmente removible esta escena se optó por censurar todo el capítulo. Afortunadamente no ocurrieron eventos importantes, por lo que ésta no fue una muy dolorosa pérdida. Es de los pocos capítulos en donde Brock (u otro personaje) apareciera más que Ash.
6 Capítulo 377: ¡Batalla de la Isla de Sacudidas! ¡¡Dojoach VS Namazun!!Motivo: Es el último capítulo que se ha censurado en todo el mundo (incluyendo Japón) hasta en la fecha. No fue transmitido debido a un fuerte terremoto que había ocurrido recientemente en la zona, y puesto que Whiscash (Pokémon protagonista del capítulo) usaba varias veces el ataque de terremoto, habría resultado muy ofensivo para varias personas en ese momento. Tenía pronosticado salir el 4 de noviembre del 2004, pero debido al terremoto, se pospuso para ser transmitido en un futuro, pero ese día nunca llegó y fue olvidado.