La serie cuenta la historia de un muchacho llamado Ash Ketchum, un entrenador determinado en ser un maestro Pokémon. Después de iniciar su primer día como entrenador, el obtiene un Pikachu que detesta estar dentro de Pokebolas, así que siempre estará a lado de Ash. En su viaje, Ash conoce a dos personas que lo acompañaran: uno se llama Misty, una entrenadora que tuvo su bicicleta destruida por culpa de Ash y su Pikachu, y Brock, un criador Pokémon ex-líder de gimnasio, el se vuelve loco por las mujeres. En la travesía de Ash y sus amigos siempre hay conflictos causados por unos sujetos que siempre los persiguen, esos sujetos son miembros del Equipo Rocket, los cuales son Jessie, James y Meowth, e intentan hacer fracasar el sueño de Ash en ser Maestro Pokémon y mas que nada, ¡robarse a su Pikachu!, aunque siempre fracasan en sus intentos de hacerlo.
La serie de Pokémon esta dividido en cuatro fases. La primera fase, la cual tenía la trama Original, que va de la primera a la quinta temporada, en el muestra la travesía de Ash por la región de de Kanto y la de Johto. En la segunda temporada, Ash, Pikachu, Misty y un dibujante Pokémon llamado Tracey Sketchit, que substituye a Brock, viajan por un archipiélago conocido como las Islas Naranjas, para ir a un torneo especial donde la mayoría de las batallas son en el agua.
La segunda fase se llama de Pokémon Generación Avanzada, que consta de la sexta temporada a la novena, muestra el viaje de Ash, Pikachu, Brock, May (una niña que sueña en ser una gran Coordinadora Pokémon, personas que participan en competencias de belleza junto con sus Pokémon) y Max (un niño bastante listo que planea tener una licencia para ser un gran instructor Pokémon) por la región de Hoenn. En esta fase, Ash participa en una Liga Pokémon de la región y May, un torneo de Competencias Pokémon. En la novena temporada muestra a Ash volviendo a Kanto junto con sus amigos, donde forma parte de un reto llamado Batalla de la Frontera (Battle Frontier), que tiene como objetivo el derrotar a siete poderosos lideres para de obtener un premio especial.
La tercera fase es la llamada Pokémon Perla y Diamante, que va de la décima a la treceava temporada, en donde Ash, Pikachu y Brock viajan por la región de Shinnoh junto con Dawn (una muchacha que al igual que May, planea ser una gran Coordinadora Pokémon) en busca más de nuevos retos. En esta fase, Ash y sus amigos tienen que lidiar un nuevo problema además del Equipo Rocket. Este nuevo problema proviene de una organización criminal, llamada Equipo Galáctico, que tiene como propósito el atrapar a los Pokémon legendarios Dialga y Palkia, para así causar la destrucción del Universo entero.
En la catorceava temporada inicia la cuarta fase, llamada "Best Wishes!", donde Ash inicia su jornada en Unova, con dos nuevos personajes, una niña llamada Iris, y un chico llamado Cilan o Dent en la versión japonesa (Se lee Dento), ex líder de un Gimnasio Pokémon.
